Die abendländischen Universitäten sind Erzeugnisse des späteren Mittelalters, doch haben ältere Vorbilder auf ihre Entstehung mehr oder weniger eingewirkt. Als solche sind zunächst die großen Lehranstalten des späteren Altertums zu bezeichnen: Das von Ptolemäos Philadelphos um 280 v. Chr. gegründete Museion zu Alexandria, die Philosophenschule zu Athen, anstaltlich verfasst namentlich durch Kaiser Hadrian und Herodes Atticus (130 n. Chr.), und die nach diesen Mustern gebildeten Athenäen zu Rom (135), Lugdunum (Lyon), Nemausus (Nîmes), Konstantinopel (424). Ferner kommen in Betracht die arabischen Medressen , unter denen in dem früheren Mittelalter die zu Cordoba, Toledo, Syrakus, Bagdad und Damaskus hohen Ruf genossen.

Unmittelbarer schlossen die ersten Universitäten sich an die alten Kloster- und Domschulen an, unter denen schon in dem 8. und 9. Jahrhundert einzelne, wie beispielsweise Tours, St. Gallen, Fulda, Lüttich, Paris als scholae publicae von auswärts zahlreiche Schüler an sich gezogen hatten. Demgemäß erscheinen die Universitäten bis in das 15. Jahrhundert ausschließlich als kirchliche Anstalten, die sich an ein Domkapitel, Kollegiatstift anzuschließen und die Ausstattung mit kirchlichen Pfründen zu stützen pflegen.

Die ersten Universitäten, welche nach heutigem Sprachgebrauch jedoch ca. einzelne Fakultäten waren, finden wir in dem 11. Jahrhundert in Italien; es waren die Rechtsschulen zu Ravenna, Bologna und Padua und die medizinische Schule zu Salerno. Festere korporative Verfassung als Hochschule, obwohl stets noch klerikaler Art, errang zuerst die Universität zu Paris, die seit dem 12. Jahrhundert die Führung auf dem Gebiet der Theologie und Philosophie übernahm und als die eigentliche Heimat der Scholastik genannt werden muss.
Die Universität zu Paris wurde Ausgangspunkt und Muster für fast alle abendländischen Universitäten, besonders die englischen, unter denen Oxford durch eine Auswanderung aus Paris unter der Königin Blancha von Kastilien (1226-36), der Ehefrau Ludwig IX. mindestens erst zu höherer Bedeutung gelangte, und die deutschen. Eine mit besonderen staatlichen und kirchlichen Privilegien ausgestattete Fakultät bildeten freilich schon früher die Juristen in Bologna.

Als die Bedeutung dieser Körperschaften für das geistige Leben der Völker wuchs, nahmen die Päpste die Schutzherrschaft über die neuen Anstalten in Anspruch und dehnten den besondern Gerichtsstand, welchen die Kirche für ihre Angehörigen besaß, auch auf die weltlichen Universitätsangehörigen aus.

Die innere Organisation der Universitäten orientierte sich ab 1249 an den verschiedenen Nationen, wobei sich die kleineren an eine der größeren anschlossen. So entstand in Paris die Einteilung in vier Nationen: Gallikaner oder Gallier (zu denen auch Italiener, Spanier, Griechen und Morgenländer zählten), Picarden, Normannen und Engländer (welche auch die Deutschen und weitere Nord- und Mitteleuropäer beinhalteten). Diese Einteilung galt sowohl für die Universitätsschüler als auch -lehrer.

Jede Nation hatte ihre besondern Statuten, besondere Beamten und einen Vorsteher (Prokurator ). Die Prokuratoren wählten den Rektor der Universität. Papst Honorius III. verordnete 1219, dass ca. diejenigen Gelehrten zu Lehrern wählbar wären, welche vom Bischof oder vom Scholastikus des zuständigen Stifts die Lizenz dazu erhalten hätten.

Allmählich entstanden jedoch zunftartige Verbände unter den Lehrern (magistri, Meistern) der Theologie, der Jurisprudenz und der Medizin, die als geschlossene Kollegien zuerst 1231 von Gregor IX. in Paris anerkannt und ordines oder facultates, Fakultäten, genannt wurden. Diese Einteilung löste allmählich die der Nationen ab. Etwas später nahm auch das Kollegium der Artisten, das heißt der Lehrer der sieben "sieben freien Künste", die Verfassung einer vierten Fakultät an, die jedoch bis in die spätere Neuzeit zunächst ca. die Aufgabe hatte, für das Studium einer der höheren Fachwissenschaften vorzubereiten. Dementsprechend waren ihre Lehrer häufig auch Scholaren in einer der obern Fakultäten.

Vorrecht der Fakultäten war bald die Verleihung akademischer Grade. In Paris waren dies drei Hauptgrade, die der Bakkalarien (Bakkalaureen), Lizentiaten und Magister (Meister). Die Bakkalarien wurden von den einzelnen Magistern ernannt; der Grad eines Lizentiaten wurde nach einer Prüfung durch die Fakultätsmeister von Seiten der Kanzler oder Bischöfe erteilt, die aber zuletzt ca. noch ihre Bestätigung gaben.

Nur die Magister hatten das uneingeschränkte Recht, als Lehrer ihrer Fakultät aufzutreten. Sie hießen auch häufig Doktoren. In Deutschland galt die Nennung Doktor meist für die drei alten oder oberen Fakultäten, während die Fakultäten der freien Künste Magister ernannten. Die Ernennung zu dem Doktor wurde als Promotion genannt. Diese fanden meistens unter festlichen Zeremonien statt, als Zeichen der Doktorwürde wurde der Doktorhut überreicht.

Ein drittes für die mittelalterliche Verfassung der Universität wichtiges Institut waren die Kollegien oder Kollegiaturen, ursprünglich kirchliche Anstalten, in welchen Studierende freien Unterhalt, Lehre und Beaufsichtigung fanden. Eins der ersten Universitätskollegien war die berühmte Pariser Sorbonne. Vorwiegend in Deutschland traten zusätzlich Bursen, private Einrichtungen ähnlich des Kollegs, auf; in England und Frankreich verbreiteten sich hingegen die Kollegs stärker, in denen später auch der Unterricht statt fand.

Zusätzlich zu Kollegs- oder Bursenangehörigen gab es in dem Mittelalter die so genannten fahrenden Schüler unterschiedlichster Alters- und Bildungsstufen, aus denen sich das heutige Verbindungswesen entwickelte.

Das deutsche Universitätswesen hat seine Ursprünge in dem Heiligen Römischen Reich mit der Gründung der Universität Prag 1348 durch Karl IV.. Die dort vertretenen vier Staaten waren: Böhmen, Polen, Bayern und Sachsen. Es entstanden vor der Reformation zahlreiche weitere Universitäten. So zu dem Beispiel 1365 in Wien und anschließend die älteste in dem heutigen Deutschland, 1386 in Heidelberg.

Durch die Entwicklung der Landesfürstentümer in dem 15. Jahrhundert und die humanistische Bewegung wurde die Bindung zwischen Kirche und Universität gelockert. In dem Jahrhundert der Reformation entstanden weitere, evangelische, (lutherische oder calvinistische) Universitäten. Es entstand zudem eine Mittelform zwischen den so genannten lateinischen Schulen (Gymnasien) und Universitäten, die als akademische Gymnasien oder gymnasia illustria genannt wurden. Diese wurden von freien Städten und kleineren Landesfürsten eingerichtet, um ein Abwandern der gebildetetn Jugend zu den Universitäten zu vermeiden. Sie unterschieden sich von den Universitäten meist in der Größe und darin das sie keine Titel verleihen konnten. Mehrere dieser akademischen Gymnasien entwickelten sich später zu wirklichen Hochschulen.

Während in dem protestantischen Norden die Universitäten in dem allmählichen Übergang Staatsanstalten mit einer gewissen korporativen Selbständigkeit wurden, blieben die neuen jesuitischen Universitäten, nach deren Muster auch mehrere der schon bestehenden katholischen Universitäten umgestaltet wurden, dem ältern Typus in dem wesentlichen treu.

An den protestantischen Universitäten entstanden in dieser Zeit die Studentenverbindungen, gleichzeitig fand eine Beteiligung der Studenten an der Universitätsverwaltung nicht mehr statt. Die Wahl junger, studierender Fürsten zu dem Rektor wurde reine Formsache, da die eigentliche Verwaltung von Prorektoren, die aus der Gruppe der Professoren gewählt wurden, geführt wurde.

In der Zeit von 1500 bis 1650 begann auch die Entwicklung des akademischen Lehrkörpers zu der in dem wesentlichen noch heute geltenden Verfassung. Danach bilden die ordentlichen Professoren (professores publici ordinarii) als vollberechtigte Mitglieder der vier Fakultäten den akademischen (großen) Senat. Die ordentlichen Professoren einer Fakultät wählen aus ihrer Mitte den Dekan, sämtliche ordentliche Professoren den Rektor. Zudem gibt es nicht dem Senat angehörige Professoren und Privatdozenten, die zwar eine Lehrerlaubnis, aber keine Lehrverpflichtung haben.

Erste Vorlesungen in deutscher Sprache hielt Christian Thomasius an der durch seine Bemühungen gegründeten Universität in Halle. Dort erschien auch unter seiner Leitung die erste kritische akademische Zeitschrift. Die erste Universität, die mit einer Akademie der Wissenschaften verbunden wurde, war die Universität Göttingen.

Ab der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts verlagerte sich der Schwerpunkt an den Universitäten vom Sammeln, Ordnen und Vermitteln von Wissen verstärkt hin zur Forschung, also zu dem Erzeugen von Wissen. In den 1880er Jahren begann eine Neuordnung der Fakultäten an den Universitäten, so entstanden natur-, staats -, geistes- oder wirtschaftswissenschaftliche Fakultäten. Zudem wurden die akademischen Seminare beliebt, bei denen die Studierenden unter Anleitung praktische Übungen durchführen. Gleichzeitig entwickelten sich die Laboratorien, Observatorien und Kliniken, so dass in den Naturwissenschaften und in der Medizin eine praxisnahe Ausbildung vorgenommen werden konnte. Allerdings traten in dieser Zeit auch erstmals "überfüllte" Studiengänge auf.

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